Modern Türkiye Çalışmaları Yüksek Lisans Programı disiplinlerarası perspektifler, teoriler ve metodolojiler aracılığıyla sosyal bilimlerin birçok alanında modern Türkiye’ye ilişkin ileri seviyede bir çalışma alanı sunmaktadır. Programın başlıca amacı, modern Türkiye çalışmaları kapsamına giren önemli araştırma alanı ve konularında sistematik, kapsamlı ve derinlemesine bilgi oluşturulmasına katkı sağlamaktır.
Modern Türkiye Çalışmaları programını diğer lisansüstü programlardan ayıran temel farklardan bazıları şunlardır:
Öncelikle, söz konusu programın odak noktası 20. yüzyıl Türkiye’sidir. Ayrıca program, modern Türkiye’de sosyal bilimler alanındaki araştırma konuları ve sorunsalları hakkında analitik bir bakış açısı kazandırmayı hedeflemektedir. 
İkinci olarak, program özellikle Tarih, Siyaset Bilimi, Uluslararası İlişkiler, Sosyoloji, İslami Çalışmalar, Antropoloji ve Siyasal İktisat gibi ilgili bilim dalları tarafından sunulan disiplinlerarası araştırmalardan yararlanmaktadır. Lisansüstü programındaki geniş bir yelpazeden beslenen disiplinlerarası yaklaşımın ortak vurgu noktası Türkiye’dir. Bununla birlikte, İstanbul Şehir Üniversitesi’nin “Modern Türkiye Çalışmaları” lisansüstü programı, öğrencilerine herhangi bir şekilde Türkiye çalışmaları ile ilgili alanlarda mükemmel bir şekilde araştırma yapmalarını, ortaya çıkan bulguları yorumlamalarını ve değerlendirmelerini için disiplinlerarası bilgi, yeti ve güven sunan özel olarak tasarlanmış bir eğitim müfredatı ile dikkat çekmektedir. Disiplinlerarası kesişim noktası üzerine yapılan özel ve tutarlı bir vurgu, Modern Türkiye Çalışmaları öğrencilerine Siyaset, Sosyoloji, Tarih, Politik Ekonomi ve Uluslararası İlişkiler gibi alanlarda kapsamlı bilgi elde etme fırsatı sunmaktadır.
Buna ek olarak, program, mevcut dersler ve seminerlerin seçimine yansıtılacak çeşitli araştırma amaçları ile birlikte ulusal ve uluslararası tecrübeye sahip akademik kadrolarından güç almaktadır. Geniş bir yelpazede akademik uzmanlığa ve perspektife sahip öğretim üyelerinin çalışmaları demokrasi problemleri, hukuk ve siyaset, din ve siyaset, medya ve siyaset, modern Türk toplumunun sosyolojisi, çatışma çözümü, Türk dış politikası, siyasal iktisat ve modern Türk entelektüel düşüncesi gibi araştırma alanlarını kapsamaktadır. Bu programla birlikte öğrenciler tarihsel, sosyal ve siyasal dinamikler ve süreçlerden iktidar, eşitlik, özgürlük, demokrasi ve otorite gibi kavramlara uzanan güncel meselelere yönelik çalışmalar hakkında iyi temellendirilmiş teorik bilgiyi uygulama ve geliştirme şansına sahip olacaklardır.
Disiplinlerarası bir çalışma ve araştırma alanı olarak Modern Türkiye Çalışmaları programı, Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler, Tarih, Sosyoloji, milliyetçilik çalışmaları, bölgesel analizler, güvenlik çalışmaları gibi alanların kesişim noktasında hareket ederek modern Türkiye’yi anlamayı ve açıklamayı hedeflemektedir.
Ayrıca, özgün bilim anlayışı, araştırma ve yaratıcı bir müfredat ile İstanbul Şehir Üniversitesi lisansüstü programı, Türkiye Çalışmalarında uzmanlaşmak isteyen yurtiçi ve özellikle yurtdışından nitelikli ve iddialı öğrenciler için seçkin bir cazibe merkezi olmayı amaçlamaktadır.
Öğrenciler tez yazımında birebir akademik danışmanlık hizmeti ve öğretim üyeleri tarafından yürütülen küçük seminer gruplarına katılma şansına sahip olacaklardır. Tez yazım süreci, araştırma sorularının hazırlanması, literatür taraması ve veri toplanmasına ilişkin uygun yöntemlerin seçilmesi dahil bir konu üzerine odaklanmış araştırmanın tamamlanması ve dizayn edilmesi için öğrencilere gerekli olan becerileri geliştirmelerini sağlayacaktır.
Programı başarıyla tamamlayan öğrenciler, modern Türkiye çalışmalarına ilişkin aşağıda sıralanan yeti ve becerileri kazanmış olacaklardır: 
•         Türkiye üzerine uzmanlaşmış ve gittikçe sayıları artan uluslararası örgütler, üniversiteler, araştırma kurumları; medya, siyasal kuruluşlar, sivil toplum örgütleri, özel ve kamu sektörü dahil olmak üzere çeşitli alanlarda etkin bir şekilde çalışmak ve araştırma yürütmek için analitik kabiliyet;
•         Literatür incelemesi, veri analizi, mülakatlar yoluyla ele edilen, araştırma yetenekleri, tezler, seminer raporu, sınavlar ve makaleler yoluyla geliştirilen yazma yeteneği. Söz konusu yetenekler öğrencileri, doktora çalışmalarına devam etmeye ve diğer akademik ilgi alanlarına hazırlayacaktır. 
•         Lisansüstü eğitimleri süresince yapılan seminer sunumlarıyla sunum becerisinin kazandırılması; tartışmalara katılmak ve temsili aktiviteler ile öğrencilerin akademik ve entelektüel tartışmalara müdahil olma yeteneklerinin geliştirilmesine yardımcı olacaktır.